作者認為，日本這個國家被許多檯面下的規矩所控制著。這些規矩並非日本政府和美國政府之間正常的外交協定，而是起源於日本上層官僚和美軍直接締結的多項密約。二次大戰結束至今已逾七十年，日本依然處在一個受美國掌控的畸形結構之下，不能算是完全獨立的國家。
這本書深入淺出地談了許多非常敏感而複雜的問題。作者用心良苦，為了更有效地宣傳自己的想法，特別與漫畫家合作，在每章的最前面以一幅四格漫畫概括要旨。總共九幅漫畫，皆開放下載。以下是我的讀書筆記，將每章各用一到兩百字總結。
第一章 日本的領空完全受美軍支配
美國將空域管轄權歸還給日本時留下了但書，那就是美軍基地周邊除外，而且所謂「基地周邊」的範圍是由美方說了算。此外，日本的《航空法特例法》明載：美軍軍機不受《航空法》關於起降地、禁航區、高度、速度等限制，也毋需向日方提報飛行計畫。日本的民航機為了避開美軍空域，必須犠牲便利性和安全性；而美軍軍機可以在日本領空肆無忌憚地危險飛行。
第一章漫畫
第二章 美軍的治外法權含蓋日本全境
按照密約，日本當局對美軍財產沒有搜索、採證、扣押等權利。如果美軍發生交通事故甚至軍機意外墜落，即使造成日本國民死傷，不論警方或政府官員，非經美軍許可皆不得進入封鎖區。實際案例發生過不只一次，日本警察只能在美軍拉起的封鎖線外再建立一層管制。處理完畢之後，日方甚至無權索取任何物證。面對美軍，日本的司法主權淪喪，宛如殖民地。
第二章漫畫
第三章 日本無國境
日本給予美國極大的軍事特權：美軍可以在日本各處設置基地，日方不得反對；美軍人員可以經由駐日基地自由進出國境，不受日方管制；美軍可以越過國境對周邊國家採取軍事行動。與此相比，曾經是美國殖民地的菲律賓還有在美伊戰爭中迅速崩潰瓦解的伊拉克，他們和美國簽訂協議的時候都尚能堅守一定的原則，不像日本在軍事上完全從屬於美國。
第三章漫畫
第四章 實際的國家領導者是「美軍＋日本官僚」
日美合同委員會是一個權力很大的特殊組織，日方代表由高級文官組成，而美方代表幾乎都是軍人。他們每個月舉行兩次會議，所做成的決定可以凌駕在日本國會和憲法之上，儼然是美軍遙控日本的裝置。美軍和日本官僚之間直接舉行祕密會議，左右國家大政方針，這種從占領時期延續下來的異常關係，連美國駐日大使都曾不只一次表達強烈批判。
第四章漫畫
第五章 國家在密約和暗盤操作之下
美軍在日本擁有的占領時期的特權以兩大方面為代表：其一是裁判權，即美軍人員可以不受日本法律審判；其二是基地，即美軍可以自由使用日本各處的國土。雖然數十年來日美之間曾多次修改條約，表面上恢復日方權利，朝向對等的日美關係改善；然而背地裡的情況是，每次修改條約，總會伴隨著新的密約產生。實際上，美軍的特權根本從來沒有少。
第五章漫畫
第六章 政府不受憲法約束
日本法治崩壞之肇始，可追溯到1959年的砂川事件。當時，在涉及東京都砂川町美軍基地擴張工程的訴訟案件中，東京地方法院判決在日美軍的駐留違反了憲法第9條第2項關於「不保有軍事力量」的規定。美軍因此對日本政府和最高法院施壓，最終推翻了違憲的判決。這個判例確立了日美安保條約凌駕於憲法之上的事實，可謂日本司法史上最大的污點。
第六章漫畫
第七章 重要文書都先以英文寫成
美軍占領時期，重要文書都是先以英文寫成的。戰後日本憲法草案承襲自1941年的大西洋憲章、1942年的聯合國共同宣言、1944年的敦巴頓橡樹園會議草案和1945年的聯合國憲章，是由占領軍在占領時期所擬訂。以丸山真男為代表的一派人認為憲法草案是日本人寫的，其中的和平理念是在日本思想家的脈絡之下產生的。作者認為這是沒有根據的空想，是知識分子的思想倒錯。
第七章漫畫
第八章 自衛隊在美軍指揮下作戰
戰後的日本和美國之間除了裁判權密約和基地權密約之外，還有一個很重要的指揮權密約。所謂指揮權密約，一言以蔽之，戰時日本自衛隊由美軍指揮。新憲法言明放棄戰爭，不保有軍隊，為什麼後來又允許日本成立武裝力量？關鍵原因就是韓戰爆發，美國需要日本協助戰爭。而在這個指揮權密約之下，日本的武裝力量從一開始就是完全從屬於美軍的。
第八章漫畫
第九章 美國不是「國家」而是「聯合國」
美軍和日本之間的異常關係其實是有法理依據的。按照聯合國憲章，會員國有義務提供基地給聯合國軍。此外還有個暫定條項：在聯合國軍成立之前，安理會常任理事國可以代聯合國行使軍事行動。日美安保體系的基本概念其實就是美國一直在法理上暫代聯合國之職，以一種殖民者的姿態掌控著日本。展望未來，日本應該謀求從這種歪曲的從屬關係中脫身。
第九章漫畫
2010年鳩山內閣瓦解，隔年發生福島核災，這一連串事件促使作者開始了七年的「解開大謎團之旅」，探索核心的問題所在。這本書是解謎之旅的總結，揭露出日本戰後一直被一個極度扭曲的框架支配著。作者在後記中提到，謀求日美關係正常化當然不是一件容易的事情，今後是「尋找對策之旅」。